Bangunan Sekolah sebelum Tahun 1983
Sebelum tahun 1968 kanak-kanak dari Kg. Junjongan bersekolah di Sekolah Melayu Masin ( sekarang dikenali Sekolah Rendah Masin ). Memandangkan
sekolah tersebut jauh dari tempat tinggal mereka, maka seorang guru iaitu Yang Mulia Cikgu Haji Mohd Yusof bin Gumbol, Guru Besar Sekolah Melayu Masin ketika itu mencadangkan untuk membina sebuah
sekolah di Kampung Junjongan bagi kemudahan kanak-kanak kampong berkenaan bersekolah.
Berkat usaha dan semangat serta atas kerjasama penduduk kampong yang diketuai oleh Ketua Kampong Junjongan iaitu Awg. Haji Kamis bin Metali, maka terbinalah sebuah bangunan sekolah sementara
berukuran 20 kaki x 50 kaki. Bangunan berkenaan dibina atas tanah yang masih lumpur beratapkan zing, berlantaikan papan,
berdindingkan pelapah dan tiangnya kayu-kayan yang diambil oleh penduduk kampong dihutan yang berdekatan.
Pada 22hb Jun 1968, sekolah rendah ini telah diresmikan oleh yang berhormat Orang Kaya Pekerma Dewa Awang Lukan bin Uking { penolong Menteri Pertahanan ketika itu }
Persekolahan ugama mula diadakan di Kampong ini pada 16hb Februari 1969 dengan keramaian murid seramai 32 orang murid, 20 orang lelaki dan 12 orang perempuan dalam Darjah 1
Bangunan Sekolah sebelum Tahun 1983
Pada bulan Februari 1983, bangunan kekal telah dibina { 8 buah bilik darjah , bilik perpustakaan, bilik guru-guru, bilik sumber, dapur, dan rumah guru }
Bagi menampung keramaian murid yang makin meningkat, bangunan sekolah ditambah. Bangunan telah dibesarkan dan mula digunakan pada tahun 1974. Bangunan ini telah diroboh dan digantikan dengan bangunan
Dewan Serbaguna bagi tujuan melaksanakan aktiviti seperti Sambutan Hari Ibubapa dan mesyuarat dan Sambutan Jubli Perak pada 1993.
Pada 14hb Disember 1972, Kebawah Duli Yang Maha Mulia Paduka Seri Baginda Sultan Haji Hassanal Bolkiah Muizzadin Waddaulah Ibni Al-Marhum Sultan Haji Omar Ali Saifuddin dan rombongan baginda Yang
Mulia Pengiran Perdana Wazir dan Duli Yang Maha Mulia Raja Muda Johor telah bercemar Duli Ke Sekolah ini.
Pada 28hb Februari 1978, Kebawah Duli Yang Maha Mulia Paduka Seri Baginda Sultan Haji Hassanal Bolkiah Ibni Al Marhum Sultan Haji Omar Ali Saifuddin dan rombongan bercemar Duli ke Sekolah ini
buat kali kedua.
Bangunan Kekal
Bangunan Sementara
Bangunan tambahan sementara pula dibina bagi penempatan murid-murid rendah bawah pada 3hb Januari 1993. Sehingga sekarang digunakan bagi penempatan murid-murid Rendah Bawah.
Pada 5hb Februari , Sistem Penglaratan Sekolah Sehari Suntuk mula dilaksanakan dan Doa Kesyukuran bagi Penglaratan Sekolah Sehari Suntuk telah dilaksanakan pada 12hb Februari 2004 hari Khamis
(petang).
Pada 3hb Januari 2005, Skim Rintis Sistem Pendidikan Bersepadu telah bermula.
Pada 10 Muharam 1426h bersamaan 28hb Februari 2005. Kebawah Duli Yang Maha Mulia Paduka Seri Baginda Sultan Haji Hassanal Bolkiah Sultan Dan Yang DiPertuan
Negara Brunei Darussalam telah berkenan melawat Sekolah Rendah Junjongan. Baginda telah menanam Pokok Manggis, membuka rasmi Taman Mini Pendidikan.
Pada 3hb Januari 2006, Sistem Pendidikan Rendah mula dilaksanakan seperti biasa { sebelum bersepadu }
Pada 3hb Januari 2006, sistem persekolahan dibawah kawalan kementerian Hal Ehwal Ugama juga telah bermula.
Bangunan Sekarang ( 2009 )